מאז 2012 פועלת תכנית "החצי הכחול" לקידום מדיניות ימית חדשנית והגנה כוללת על הים התיכון. בין הישגיה הבולטים: חקיקת תקנות הדיג החדשות (2016), עצירת דיג מכמורת הרסני בכמחצית משטח הים, הקמת יחידה ימית ייעודית ברשות הטבע והגנים, וקידום שטחים מוגנים אשר עלו מ־0.25% ל־8% מהמרחב הימי. התכנית נאבקת בתשתיות ימית פוגעניות ופועלת להגנה על משאבי הטבע. במקביל, היא מקדמת שיתוף ציבור באמצעות אפליקציית Sea Watch – כלי לדיווח על מפגעים ולתצפיות טבע, המחבר בין מדע אזרחי לפעולה סביבתית.

המכון הבין-אוניברסיטאי הוא מוסד מחקר מוביל בעל שם עולמי, המהווה מוקד למצוינות במדעי הים. חוקרי המכון מפרסמים מאות מאמרים מדעיים בשנה ונמצאים בחזית גם של מדע יישומי. המכון אחראי על תכנית הניטור הלאומית של מפרץ אילת בשיתוף המשרד להגנת הסביבה, ומפתח תשתיות ניטור חדשניות, בהן מערך מתקדם למעקב אחר שוניות האלמוגים באילת ובעקבה. חברי המכון הם מדענים מהאוניברסיטאות המובילות בישראל, הפועלים יחד לקידום הידע, השימור והמדיניות בסביבה הימית הייחודית של אילת.